No começo, a botica era uma caixa de madeira onde se levavam os primeiros remédios. Foi com este nome que a farmácia se tornou conhecida em Portugal.
No Brasil colonial, a caixa era transportada pelos mascates, que percorriam as povoações e as fazendas levando medicamentos capazes de curar as mazelas mais comuns.
Conhecidos como boticários, os donos das boticas eram profissionais de alto gabarito, conhecedores da arte do fabrico de remédios, prestigiados na corte portuguesa e nas armadas e fortalezas.

Na Antiguidade, os alquimistas, em busca de fabricar ouro e de criar o elixir da vida eterna, terminaram por produzir óleos e resinas, os primeiros remédios da humanidade. Eram conservados em ânforas e vasos ricamente decorados. Os primeiros apetrechos foram os potes, vasos e vasilhas. Surgiram depois as balanças e os jogos de pesos de tamanho variado, as canecas de estanho e porcelanas, os almofarizes de ferro e bronze, os capsuladores, os camaleões aperta-rolhas, os alambiques de cobre e vidro.
Com estes apetrechos, fabricavam-se na França e na Inglaterra os purgativos, águas de cheiro, bálsamos, peitoral de cerejas, maravilhas curativas, pastilhas de Vichy, magnésia fluida e compostos de fígado de bacalhau.

A chegada dos irmãos da Companhia de Jesus, os jesuítas, significou também a criação, no Brasil, das primeiras enfermarias e boticas, onde se cuidava dos doentes e se preparavam os remédios.
Nas boticas jesuítas se encontravam drogas e medicamentos vindos da metrópole. Foram eles também os primeiros boticários a testar as plantas medicinais usadas pelos pajés em seus rituais. O Padre José de Anchieta foi um dos primeiros boticários, a se dedicar com ardor missionário a curar os doentes entre o povo da terra brasilis. Em suas memórias, ele escrevia em 1565:
"Nossa casa é botica de todos; poucos momentos está quieta a campainha da portaria ..."

Em 1808, com a vinda da família real portuguesa para o Brasil, ganhou impulso a atividade farmacêutica no país.
Em 1832, o Brasil viu surgir as suas primeiras faculdades de Medicina e, com elas já funcionava um curso de farmácia, com duração de três anos.
Em 1839, o governo provincial de Minas Gerais fundava, em Ouro Preto, a primeira Escola de Farmácia, pioneira para o ensino exclusivo da profissão no país.
Em 1916 é criada a Associação Brasileira de Farmacêuticos, destinada a unir os profissionais de norte a sul do país. A sede funciona no Rio de Janeiro. A associação foi o embrião do que hoje é o Conselho Federal de Farmácia.